Храм построен в начале правления венецианцев вдоль морского участка периметра крепостных стен как кафоликон Монастыря ордена доминиканских монахов. Изначально он был однонефным и имел деревянную крышу, но постепенно к нему были пристроены четыре часовни. Архитектура храма представляет особый интерес в связи с присутствием различных элементов, выдающих его родство с французскими и итальянскими постройками XIII века. При турках храм был превращен в мечеть. Череда землетрясений с XIV по XVIII век нанесла храму значительный ущерб. Храм совсем недавно приобрел современный облик. Его открывают только 29 июня - в День святых Петра и Павла.