Более поздний храм святого Матфея, построенный в начале XVII века на месте разрушенного землетрясением византийского храма, по всей вероятности, играл роль семейной часовни. С приходом османцев  храм был сделан метохом православного Монастыря святой Екатерины на Синае, который заместил прежний, превращенный в мечеть, монастырь св. Екатерины. В последующие столетия этот храм и храм св.Мины были главными православными церквями города, а территория храма использовалась для захоронений известных представителей христианской общины.

Сегодня на северной стене храма можно увидеть две ниши с фресками, а на южном входе – табличку с надписью 1600 года. Кроме того, храм располагает коллекцией переносных икон, включая работы крупных мастеров Критской школы, такие как: «Распятие» Георгиоса Кастрофилакаса (1752г.), «Святой Тит и сцены из жития десяти мучеников» Иоанниса Корнароса (1773г.) и другие, в их числе и две неподписанные иконы Михаила Дамаскина.