Das Museum für Christliche Kunst ist in der kreuzförmigen Kirche von „Agia Aikaterini Sinaiton“, im Zentrum von Heraklion, in der Nähe der alten und heutigen Metropolis-Kirche von St. Minas untergebracht.

Das Hauptthema der Ausstellung ist die kirchliche Kunst, die vom 14. bis zum 19. Jahrhundert auf Kreta entwickelt wurde. Zu den wichtigsten Exponaten gehören die Ikonen von zwei großen Vertretern der kretischen Schule der Hagiografie, Angelos Akotantos (Anfang des 15. Jahrhunderts) und Michail Damaskinos (16. Jahrhundert). Die Ausstellung umfasst auch Fresken, Steinskulpturen, Holzskulpturen, postbyzantinische Metallarbeiten und Miniaturhandwerke, Münzen, Devotionalien, Bibeln, Messgewänder, Stickereien, Manuskripte und Wiegendrucke