Die neueste Agios Matthaios Kirche wurde am Anfang des 17. Jahrhunderts an der Stelle einer älteren byzantinischen Kirche gebaut, die durch ein Erdbeben zerstört wurde. Nach der osmanischen Eroberung wurde sie als Klostergut dem orthodoxen Kloster der heiligen Aikaterini am Berg Sinai überlassen, im Gegensatz zur heiligen Aikaterini, die in eine Moschee umgewandelt wurde. In den folgenden Jahrhunderten waren, zusammen mit der Kirche St. Minas, die beiden die wichtigsten orthodoxen Kirchen der Stadt und damit wurden in der Gebäudehülle einflussreiche Persönlichkeiten der christlichen Gemeinde begraben.

Heute gibt es nur noch zwei Nischen mit Fresken an der Nordseite, eine Inschrift von 1600 an der südlichen Kirchentür. Darüber hinaus ist die Kirche Gastgeber einer Sammlung von kleinen mobilen Ikonen, darunter bedeutende Werke der kretischen Schule wie „Die Kreuzigung“ von Georgios Kastrofylakas (1752), „Der St. Titos und Szenen aus dem Leben der 10 Maertyrer“ von Ioannis Kornaros (1773) und anderen, darunter zwei unsignierte Ikonen von Michail Damaskinos.