Agios Minas ist der Schutzpatron von Heraklion und wurde in der Mitte des 19. Jahrhunderts erbaut, zu einer Zeit, als die osmanischen Reformen für eine allmähliche Verbesserung der Position der Christen auf Kreta eingesetzt wurden. Die Arbeiten begannen 1862 nach den Entwürfen des Epirotischen Architekten Athanasios Moussis. Die turbulente politische Atmosphäre der Zeit verzögerte jedoch, in Kombination mit der wirtschaftlichen Not die Fertigstellung der Kirche, die schließlich im April 1895 eingeweiht wurde. Die Kirche ist außer dem St. Minas (Mittelschiff) auch dem St. Titus (Südgang) gewidmet sowie den Zehn Heiligen von Kreta (Nordgang), hat zwei Glockentürme und eine beeindruckende Kuppel.

Die kleine Kirche neben St. Minas wurde im 17. Jahrhundert erbaut und war ursprünglich der Jungfrau Maria (Pantanassa) gewidmet. Nach der Eroberung von Kreta durch die Osmanen (1669) wurde die Kirche für viele Jahre aufgegeben, bis 1735, als sie renoviert wurde, um als Kathedrale zu dienen, wie eine entsprechende Verordnung des Sultans festsetzte. Dann waren seine zwei Gänge dem Lichtmess Christi und dem Heiligen Minas gewidmet.

Im historischen Zentrum von Heraklion, direkt neben der Kathedrale von St. Minas, ist nur noch das Katholikon des alten Sinaitischen Klosters der Heilige Aikaterini erhalten. Bis 1669, als Kreta von den Türken erobert wurde, war die Heilige Aikaterini eine der wichtigsten religiösen und kulturellen Institute der Orthodoxie. Im 15. Jahrhundert gab es eine Schule, von der berühmte Gelehrte und Hierarchen graduierten.

Die neueste Agios Matthaios Kirche wurde am Anfang des 17. Jahrhunderts an der Stelle einer älteren byzantinischen Kirche gebaut, die durch ein Erdbeben zerstört wurde. Nach der osmanischen Eroberung wurde sie als Klostergut dem orthodoxen Kloster der heiligen Aikaterini am Berg Sinai überlassen, im Gegensatz zur heiligen Aikaterini, die in eine Moschee umgewandelt wurde. In den folgenden Jahrhunderten waren, zusammen mit der Kirche St. Minas, die beiden die wichtigsten orthodoxen Kirchen der Stadt und damit wurden in der Gebäudehülle einflussreiche Persönlichkeiten der christlichen Gemeinde begraben.

Die Kirche wurde in den frühen Jahren der venezianischen Besetzung neben der Stadtmauer gebaut und war die Hauptkirche des Ordens der Dominikaner Mönche. In ihrer ursprünglichen Form war sie einschiffig und mit Holz gedeckt und schrittweise wurden vier Kapellen hinzugefügt. Ihre Architektur ist von besonderem Interesse, da sie verschiedene Merkmale aufweist, die ihre Affinität zu Gebäuden aus dem 13. Jahrhundert in Frankreich und Italien verraten. Während der osmanischen Herrschaft wurde sie in eine Moschee umgewandelt. Aufeinander folgende Erdbeben vom 14. bis zum 18.

Das Kloster von Paliani ist eines der ältesten Klöster von Kreta und liegt südlich des Dorfes Venerato. Es wurde auf den Ruinen eines antiken Tempels errichtet, wie die Kapitelle im Klosterbezirk bescheinigen. Es ist der Himmelfahrt der Jungfrau Maria gewidmet und wurde seit den ersten Jahrhunderten des Byzantinischen Reiches betrieben, während es während der venezianischen Zeit in voller Blüte stand. Während der osmanischen Herrschaft war es das Opfer der beispiellosen Gräueltaten der Türken, und von den 70 Nonnen überlebten nur drei. Es wurde im späten 19. Jahrhundert renoviert und es folgte eine neue Periode, wo es wieder seinen Höhepunkt erreichte. Eines der wichtigsten Elemente von Paliani ist die heilige Mirtia, eine jahrhundertealte Myrte, die sich südlich des Katholikons befindet und am 23. September gefeiert wird; laut der Legende wurde die Ikone der Jungfrau Maria auf ihrem Stamm gefunden.

Die Jungfrau Maria der Kreuzfahrer ist Teil des lateinischen Klosters der Kreuzritter, deren übrige Bauten nicht mehr erhalten sind. Es ist eine dreischiffige Basilika mit einem erhöhten Mittelgang. Sie wurde durch die Bombardierung der Deutschen während der Schlacht von Kreta im Jahre 1941 zerstört und wurde 1956 restauriert.